烘干是羊肚菌栽培過程中必不可少的工藝，如今羊肚菌烘干方式有電加熱、（煤、燃油、燃氣）鍋爐等，以及節能的熱泵烘干機烘干。
羊肚菌水分含量非常高，在烘干過程中要特別注重溫度與濕度的控制。而且不同批次采收的羊肚菌，水分含量不一樣。一般來說，第一茬菇的含水量相對低，陸續第二茬菇、第三茬菇的含水量一批批加大，都可以在第一茬菇烘干經驗的基礎上適當加長時間。這里以第一茬菇的烘干為例，介紹熱泵烘干機應用于羊肚菌烘干的經驗：
1）烘干初期：
無需冷藏保鮮的羊肚菌按不同長度進行剪柄后，排放于烘篩上，將烘篩推入烘干機烘箱內，緊閉箱門開始啟動機器起烘。起烘溫度不能低于35℃，最好是35℃起烘，濕度控制在70%以內，時間3小時左右，用低溫來給羊肚菌定性定色，以保證其形狀飽滿，不塌陷。
2）升溫排濕
溫度上升在40℃～45℃的范圍內，濕度降到55%，烘2小時左右，這時羊肚菌有收縮，水分明顯減少。
3）強化烘干排濕
溫度上升到50℃左右，溫度設定在35%，繼續烘2小時左右，繼續強化羊肚菌的烘干排濕。這時，羊肚菌表面基本干透，但菇體尤其在菌柄與菌帽結合處仍是軟的，還沒有干透。
4）最后高溫干燥
溫度上升至53--55℃，溫度降到15%，進行高溫干燥，實現羊肚菌的徹底干燥。
需要強調的是，在羊肚菌的干燥過程中，不宜升溫過快，每階段約5℃較為適宜，烘出的羊肚菌含水量約12%，外形飽滿，菌柄米白，菌帽棕色或黑色，氣味芬芳。另外95%以上的菌菇類，如牛肝菌、竹蓀、松茸、靈芝、猴頭菇、黑白木耳、姬菇、杏鮑菇、茶樹菇、紅菇、花菇、金針菇、雞腿菇、滑子菇、香菇等都可使用熱泵型烘干機干燥，以達到節能、環保、高效、智能化操作干燥高品質干菇的目的。
5）回軟
羊肚菌烘干完成后，不要急于馬上裝袋，可在空氣中靜置10-20分鐘，使其表面稍微回軟，否則干硬的羊肚菌在裝袋過程中發生脆斷而被損壞。
